超细粉碎机的环保问题主要是粉尘和噪声、湿法粉碎时水的污染问题。
粉尘问题，在干式超细粉碎中，或多或少存在扬尘问题，给料口，排料口及风机密封处，由于粉体粒度细，极易从密封不好的地方飞出。解决的方法是尽量采用负压系统，采用密封性好的粉碎设备和精细分级设备，必要时在粉碎车间装设除尘系统，以确保车间洁净生产，这对于颜料、染料、纤维类粉体和有毒粉体极为重要。
超细粉碎设备，均存在一定的振动和噪声，特别是对于振动磨机、球磨机，噪声达120dB，必要时专门设置隔离箱或隔离房，隔离粉磨设备。现在已开发了一些低噪声超细粉碎设备，例如塔磨机、搅拌磨机等可以优先采用。但是，超细粉碎环境恶劣，不同的行业要求也不一样，在矿业、耐火材料、煤炭行业等工业中，条件相对较差，而在药品、食品等工业中就需要洁净。不管怎样，降低噪声势在必行。
湿法超细粉碎，不管采用何种工艺，特别是精细陶瓷、粉末冶金、无机非金属材料等工业中，应用的水、油或酒精是可以循环利用的。这就需要在脱水（或油）后的水或油要过滤，在保证不污染原料的情况可以循环应用。
